摘要目的：分析云南省恶性疟病例疟原虫虫株的富组氨酸蛋白Ⅱ（Histidine?rich protein?2，HRPⅡ）基因（Pfhrp2）序列的多态性，为研究疟原虫抗原基因缺失奠定基础。方法搜集2012年8月-2015年9月云南省恶性疟现症病例的滤纸血样和相关信息，用PCR技术扩增血样中恶性疟原虫Pfhrp2基因exon2区并测序，测序成功序列与AY816237、AY816240、AY816301参比序列比对；用Mega 5.04分析Pfhrp2基因exon2区序列多态性，计算序列间保守位点、遗传距离等；根据氨基酸序列间遗传距离绘制聚类树状图。结果共收集云南省15个州（市）的恶性疟现症病例血样218份，病例感染来源地包括云南本地、非洲、缅甸等流行区。其中155份Pfhrp2基因exon2区扩增阳性和测序成功，编码氨基酸数在115～298之间，平均为239.7 aa，非洲（239.9 aa）、缅甸（239.5 aa）、云南（241.6 aa）感染虫株的氨基酸残基均数差异无统计学意义（F=0.025，P>0.05）。所有氨基酸残基序列均以12型重复作为结尾，以1型、2型重复为起始，比例各占98.1%（152/155）和1.9%（3/155），2型重复次数最多，为12.9次。155条Pfhrp2基因exon2区DNA序列的同源位点为894 bp，保守位点占20.8%（186/894），变异位点占78.2%（699/894），非洲虫株序列间遗传距离为0.000～0.741，缅甸为0.000～0.948，云南为0.000～0.750。所有155条序列按氨基酸序列大小聚类成3个大类，同一个层级的序列具有近似的序列长度和氨基酸重复类型。结论云南省恶性疟现症病例所感染疟原虫的Pfhrp2基因exon2区存在高度多态性，恶性疟原虫株主要按Pfhrp2基因exon2区的氨基酸序列长度进行聚类。