羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶的分子模拟研究

Molecular simulation study on the recognition between hydroxy isoindolin ketone derivatives and HIV-1 integrase

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摘要为了研究羟基异吲哚酮类衍生物与HIV-1整合酶识别的机制以及构象变化,采用AutoDock对58个羟基异吲哚酮类衍生物与整合酶进行了分子对接,并对抑制HIV-1整合酶活性较好的两个化合物所形成的复合物模型分别进行了16 ns的分子动力学模拟.基于对接复合物模型分析给出了化合物与整合酶结合的主要作用力,通过分析氢键以及构象的变化,发现氨基酸残基N155与D64之间的氢键是维持整合酶催化活性所必需的DDE基序结构稳定的关键.另外,氨基酸残基Y143所在的loop区与羟基异吲哚酮类衍生物之间的疏水作用力在受体-配体识别的过程中具有重要的作用.

作者杜文义 ^[1] 胡建平 ^[2] 左柯 ^[1] 刘嵬 ^[1] 梁立 ^[1] 代田洋 ^[1] 学术成果认领

作者单位成都大学,四川抗菌素工业研究所,药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室,成都610106 ^[1] 成都大学,四川抗菌素工业研究所,药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室,成都610106;乐山师范学院化学学院,乐山614004 ^[2]

关键词羟基异吲哚酮类衍生物分子对接分子动力学模拟 HIV-1整合酶构象分析 hydroxy isoindol ketone derivatives molecular docking molecular dynamics simulation HIV-1 integrase conformation analysis

主题词整合酶类(Integrases)酮类(Ketones)象(Elephants)研究(Research)分子动力学模拟(Molecular Dynamics Simulation)

分类号 Q5 R9

栏目名称论文

DOI 10.11665/j.issn.1000-5048.20160508

发布时间 2016-11-18

基金项目

国家自然科学基金资助项目 四川省教育厅科研重点项目资助项目 乐山市科技计划资助项目(No.14SZD018)This study was supported by the National Natural Science Foundation of China the Key Project of Scientific Research of the Department of Education of Sichuan Province the Science and Technology Planning Project of Leshan