换一批含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析
Molecular dynamics simulation and analysis of BAFF which is incorporated with p-nitro-L-phenylalanine
摘要建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考.使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸中不存在的L-对硝基苯丙氨酸的新的成键、键角、二面角信息与能量,将新成键的键长、键角、二面角参数与相应的能量信息写入CHARMM(chemistry at Harvard macromolecular mechanics)力场参数文件中.重新定义L-对硝基苯丙氨酸的CHARMM力场参数后,利用纳米分子动力学(NAMD)成功对舍有L-对硝基苯丙氨酸的B淋巴细胞刺激因子(BAFF)进行动力学模拟.统计动力学模拟过程中的每一帧体系的温度,作出的温度分布图符合正态分布,证明了新定义力场参数的稳定性.模拟结果中,蛋白的均方根偏差(RMSD)在趋近于2.5,pNO2 Phe残基的均方根涨落(RMSF)为3.7,显著高于分子的其他部位,表明pNO2Phe残基运动剧烈,蛋白在该残基附近结构的可变性较大,可能会产生新的构象表位,为含有pNO2Phe蛋白成为自体疫苗的设计提供了理论上的可行性.
更多相关知识
关键词
纳米分子动力学(NAMD)可视化分子动力学(VMD)分子动力学模似CHARMML-对硝基苯丙氨酸B淋巴细胞刺激因子nanoscale molecular dynamics (NAMD)visual molecular dynamics (VMD)molecular dynamics simulationchemistry at Harvard macromolecular mechanics (CHARMM)p-nitro-L-phenylalanineB lymphocyte stimulator
医学主题词
动力学(Kinetics)苯丙氨酸(Phenylalanine)分子动力学模拟(Molecular Dynamics Simulation)蛋白(Egg White)淋巴细胞活化(Lymphocyte Activation)
分类号
Q61（理论生物物理学）
栏目名称
DOI
10.11665/j.issn.1000-5048.20170215
发布时间
2017-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家教育部博士点基金资助项目（(20120096110007)）
国家自然科学基金资助项目（(No.81273426)）
This study was supported by the Ph.D Programs Foundation of Ministry of Education of China（(20120096110007)）
the National Natural Science Foundation of China（(81273426)）
- 浏览0
- 被引3
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
