换一批
换一批牛病毒性腹泻病毒基因2型代表株全基因组序列分析
Genomic sequencing and characterization of bovine viral diarrhea virus genotype 2 isolate XJ-04
摘要为了解我国牛病毒性腹泻(BVD)的分子流行病学情况,本研究对分离的3株牛病毒性腹泻病毒基因2型(BVDV-2)代表株全基因组进行序列分析,应用RT-PCR法分段扩增3株BVDV-2(XJ-04、SD-09和QH-09)的全基因组序列,共分为18个片段:A～Q以及5'-UTR和3'-UTR的部分序列.除5'-UTR和3'-UTR部分序列外,A～Q基因片段末端相互重叠.经序列拼接获得3株全基因组序列,全长均为12 284 bp.将测序结果与GenBank登录的瘟病毒科代表毒株序列、自我裂解酶(Npro)、结构蛋白(C、Ems、E1、E2)以及标准株BVDV-1 NADL和BVDV-2 890进行核苷酸以及氨基酸序列同源性分析.结果表明:XJ-04、SD-09和QH-09的全基因组序列同源性高于99.6%,3株BVDV-2分离株与890和NewYork93株亲缘关系最近,属于BVDV-2a亚型.在致细胞病变型的XJ-04、SD-09、QH-09株的NS2/3基因上无外源基因的插入.本研究分离的BVDV-2株为国内首次鉴定国内分离株全基因组序列,为我国BVD的分子流行病调查提供依据.
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