3型哺乳动物正呼肠孤病毒SYBR Green I荧光定量PCR方法的建立及应用
Development and application of SYBR Green I fluorescent quantitative PCR method for mammalian orthoreovirus 3 detection
摘要哺乳动物正呼肠孤病毒(MRV)是双链RNA病毒,可以感染自然宿主的哺乳动物和脊椎动物.为建立一种针对3型哺乳动物正呼肠孤病毒(MRV-3)的特异且快速的检测方法,本研究根据Genbank登录的MRV-3(OQ627746-OQ627755)S1基因保守区设计1对特异性引物,并从MRV-3中扩增S1基因,构建重组质粒pMD18-S1,经PCR和测序鉴定正确后作为质粒标准品,经反应体系及反应条件优化后首次初步建立了检测MRV-3的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR(qPCR)方法.将质粒标准品10倍倍比稀释后作为模板经该qPCR扩增,建立标准曲线,结果显示,质粒标准品在1.3×108拷贝/μL~1.3×103拷贝/μL与各自的Ct值均呈良好的线性关系,斜率为-3.1706,R2为0.9999,熔解曲线为单峰.以牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛肠道病毒(BEV)、水牛匈爱病毒(BufHuV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛细小病毒(BPV)和MRV-3的基因组DNA/cDNA为模板,利用本研究建立的qPCR方法检测,评估该方法的特异性;将质粒标准品10倍倍比稀释至1.3×102拷贝/μL~1.3×108拷贝/μL后作为模板,分别利用本研究建立的qPCR和常规PCR检测,比较两种方法的检测结果,评估本研究建立qPCR方法的敏感性;以1.3×103拷贝/μL~1.3×107拷贝/μL5个不同浓度的质粒标准品为模板,利用该方法分别进行批内和批间的重复性试验,评估该方法的重复性.结果显示,该方法只能检测出MRV-3,其他相关病原的检测结果均为阴性;该qPCR对质粒标准品的检测限为1.3×103拷贝/μL,比常规PCR敏感性高10 000倍;批内和批间重复性试验的变异系数均小于或等于1.0%,表明该qPCR方法特异性强、敏感性高、重复性好.利用该方法检测220份牛粪便样品,结果显示MRV-3的检出率(3.64%,8/220)高于常规PCR的检出率(1.36%,3/220),两种检测方法的阳性符合率达100%,阴性符合率为97.75%,总符合率为97.78%.综上所述,本研究首次建立的检测MRV-3的SYBR Green ⅠqPCR方法可以用于临床牛腹泻病原的检测,为MRV-3尤其是牛源MRV-3提供了一种快速灵敏的检测手段,也为MRV-3的后续研究奠定了基础.
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