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山西地区鸽圆环病毒全基因组序列的测定与分析

Genome sequencing and analysis of pigeon circovirus from the Shanxi Province

摘要为了解山西地区鸽圆环病毒(PiCV)的遗传演化特征,本研究从山西太原、晋中等地区鸽养殖场采集10份疑似感染PiCV的病料样品经常规处理后进行Cap基因的PCR检测.结果显示,从10份病料样品中检测到1份PiCV阳性样品,将鉴定的PiCV命名为SX01/Shanxi/2023株.通过PCR分段扩增SX01/Shanxi/2023株的全基因组序列并测序,利用SeqMan软件将序列拼接.结果显示,分别获得759 bp和1560 bp的目的片段,经测序拼接后获得了PiCV全长2038 bp的全基因组序列.利用MegAlign软件分析PiCV全基因组序列的同源性;采用IQ-tree软件构建PiCV全基因组的遗传进化树;利用Cluster W软件分析PiCV全基因组编码氨基酸序列的变异;利用Simplot和RDP4软件对SX01/Shanxi/2023株进行重组分析.结果显示:SX01/Shanxi/2023株与国内外PiCV全基因组序列的同源性在84.6%~96.3%,其中与德国PiCV CoCV株同源性最高达95.1%,与我国陕西TF1/SN/2016株的同源性最高达96.3%.进化树结果显示,SX01/Shanxi/2023株与国内陕西TF1/SN/2016株及DS1/GS/2018株处于同一进化分支,亲缘关系较近.氨基酸序列分析结果显示,SX01/Shanxi/2023株Cap蛋白及Rep蛋白氨基酸序列与PiCV参考株相比均发生了部分氨基酸位点的插入、缺失或突变,其中Cap蛋白氨基酸序列变异多于Rep蛋白.重组分析结果显示,该株病毒是由陕西TF1/SN/2016株为主要亲本,陕西WL1/SN/2018株为次要亲本形成的重组病毒,重组断点位于nt520.基于IQ-tree软件构建的重组断裂点位点前后(nt1~nt520、nt521~nt2 038)的进化树进一步验证了上述结果.本研究首次在山西地区检测到PiCV,丰富了PiCV分子生物学特征和流行病学研究内容,也为山西地区PiCV感染的防控提供了重要参考依据.

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作者 张娟 [1] 任鹏飞 [2] 李兴 [2] 高振 [2] 王仲兵 [1] 梁立滨 [2] 学术成果认领
作者单位 山西省动物疫病预防控制中心,山西 太原 030000 [1] 山西农业大学动物医学学院,山西 太谷 030801 [2]
分类号 S852.65
栏目名称
DOI 10.3969/j.issn.1008-0589.202404017
发布时间 2025-04-25(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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中国预防兽医学报

中国预防兽医学报

2025年47卷1期

96-101页

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