禽传染性支气管炎病毒通用型RT-qPCR检测方法的建立及应用
Establishment and application of a universal RT-qPCR method for the detection of avian infectious bronchitis virus
摘要为建立一种快速、高效、准确检测禽传染性支气管炎病毒(IBV)的荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,本研究以IBV分离株X1475基因组为模板,经RT-PCR扩增其3'端非编码区(3'UTR)部分基因,构建重组质粒pEASY-T5-3'UTR作为质粒标准品.利用该重组质粒标准品建立了 TaqMan RT-qPCR方法的标准曲线,并经反应条件优化建立检测IBV的RT-qPCR方法.结果显示,重组质粒标准品的拷贝数与Ct值均呈良好的线性关系,R2为0.998,扩增效率为1.01.该方法各反应条件优化结果为10pmol/μL上下游引物各0.6μL,探针0.8μL,退火温度56℃.利用该方法检测各基因型IBV、禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)等常见禽源病毒,结果显示,该方法仅能特异性检测各基因型IBV,而与其他常见禽源病毒均无交叉反应,该方法特异性强;将重组质粒标准品10倍倍比稀释至1.0×108拷贝/μL~1.0×101拷贝/μL后分别作为模板,利用本研究建立的RT-qPCR检测,评估该RT-qPCR方法的敏感性试验,结果显示,该方法对质粒标准品的检测限为1.0×103拷贝/μL,敏感性是常规RT-PCR方法的100倍;以5个不同浓度重组质粒标准品作为模板,于同一时间和不同时间进行该RT-qPCR方法的重复性检测,结果显示批内和批间重复性试验的变异系数均小于2%.利用该方法与目前国标推荐的RT-qPCR方法分别对200份临床禽咽拭子样品进行检测,结果显示本研究建立的RT-qPCR方法的阳性检出率为15%(30/200),国标推荐的RT-qPCR方法的阳性检出率为12.5%(25/200),二者的总符合率为97.6%.综上,本研究建立的RT-qPCR方法操作简单、特异性强、灵敏性高,对国内流行的各种基因型的IBV均能检出,具有良好的应用前景,可应用于IBV的日常监测与检测.
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