越南北部6省2020年~2021年非洲猪瘟病毒的遗传演化分析
Genetic evolution analysis of African swine fever virus in six northern Vietnam Provinces from 2020 to 2021
摘要非洲猪瘟病毒(ASFV)自2019年在越南被发现以来,迅速在越南全国范围内传播.为了解ASFV在越南北部的流行及其流行株的遗传变异情况,本研究采集越南北部6省的250份疑似ASFV感染病死猪的组织病料样品,采用荧光定量PCR(qPCR)方法检测ASFV,进一步采用PCR扩增ASFV阳性组织样品中的B646L(p72)基因、EP402R(CD2v)基因和I73R~I329L基因的IGR区域,并测序后采用DNAStar 7.0的MegAlign软件比对分析上述3种基因序列的同源性;每个省均选取10份阳性样品的B646L基因和EP402R基因序列分别构建系统进化树,并对I73R~I329L基因的IGR区进行核苷酸差异分析.结果显示,250份组织样品均为ASFV阳性,本研究获得的所有B646L基因和EP402R基因之间的同源性均达100%,与GenBank中ASFV相应基因序列的同源性分别为95.1%~100%、66.9%~99.7%,其中B646L基因与中国ASFV分离株相应基因序列的同源性最高,与2012年乌干达ASFV分离株该基因序列的同源性最低,而与EP402R基因序列的同源性最高的是格鲁吉亚、俄罗斯ASFV分离株,同源性最低的是葡萄牙ASFV分离株.基于B646L和EP402R基因构建的遗传进化树结果均显示,本研究获得的上述基因均与中国、格鲁吉亚ASFV分离株相应基因的亲缘性更近,属于基因型Ⅱ,血清型SG8.对IGR区的I73R~I329L基因进行核苷酸差异分析结果显示,在2020年采集的ASFV阳性样品属于ASFV的IGR Ⅱ型变异体,至少有IGR Ⅰ和IGR Ⅱ型2种ASFV在越南传播.本研究揭示了越南早期ASFV的变化,对预防ASFV的传播具有重要的参考意义.
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