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用生物信息学的方法预测SARS病毒的基因组包装信号序列

Identification of probable genomic packaging signal sequence from SARS-CoV genome by bioinformatics analysis

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摘要目的:通过生物信息学的手段,预测SARS病毒的基因组包装信号序列,为反义核酸和干扰核酸药物的设计提供有效的靶序列.方法:结合已报道的有关MHV和BCoV的基因组包装信号的一级结构和二级结构特点等信息,把SARS病毒的基因组和MHV,BCoV,PEDV,HCoV的基因组序列进行多序列比对;使用RNA二级结构预测软件对它们的RNA二级结构进行了预测和比较.在此基础上,根据冠状病毒识别基因组包装信号的机理,对来自这五种病毒的N蛋白、M蛋白序列也进行了多序列比对,探讨基因组包装信号与这两个蛋白质的进化关系.结果:SARS病毒的基因组包装信号位于接近ORF1b的3'端的位置,和MHV、BCoV的基因组包装序列一起位于ORF1b基因的核酸序列高突变区,但是其RNA二级结构与MHV、BCoV的基因组包装信号的二级结构很相似.对PEDV和HCoV的基因组包装信号序列的预测获得了类似的结果,而且三者的包装信号序列的位置在多序列比对的结果中互相重叠.突变频率的分析表明,基因组包装信号序列的突变频率高于N蛋白,而N蛋白高于M蛋白.结论:SARS病毒的基因组包装信号序列靠近ORF1b基因的3'端,其二级结构与MHV、BCoV的包装信号相似.基因组包装信号所在的基因组序列具有很高的突变性,这对与之相互作用的N蛋白和M蛋白也产生了影响.

作者秦磊 ^[1] 熊斌 ^[2] 罗成 ^[2] 郭宗明 ^[1] 郝沛 ^[3] 苏炅 ^[1] 南蓬 ^[1] 冯颖 ^[1] 石忆湘 ^[1] 俞晓晶 ^[3] 罗小民 ^[2] 陈凯先 ^[2] 沈旭 ^[2] 沈建华 ^[2] 左建平 ^[2] 赵国屏 ^[3] 石铁流 ^[3] 何伟忠 ^[1] 钟扬 ^[4] 蒋华良 ^[2] 李亦学 ^[5] 学术成果认领

作者单位上海生物信息技术研究中心,上海,201203 ^[1] 中国科学院上海生命科学研究院上海药物研究所新药研究重点实验室药物发现与设计中心,上海,200031 ^[2] 中国科学院上海生命科学研究院,上海,200031 ^[3] 上海生物信息技术研究中心,上海,201203;复旦大学生命学院,上海,200433 ^[4] 上海生物信息技术研究中心,上海,201203;中国科学院上海生命科学研究院,上海,200031 ^[5]

关键词典型肺炎(SARS)包装信号茎环结构 N蛋白 M蛋白反义核酸干扰核酸 severe acute respiratory syndrome (SARS)packaging signal stem-loop structure N protein M protein antisense RNA interfere RNA

医学主题词基因组(Genome)蛋白(Egg White)病毒(Viruses)预测(Forecasting)计算生物学(Computational Biology)

分类号 Q78（分子生物学基因工程《遗传工程》）

发布时间 2007-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

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