乳鼠及成年大鼠脑皮质膜蛋白差异的分析

Analysis of difference of cerebral cortex membrane proteins between neonatal and adult rats

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摘要目的建立基于Novagen ProteoExtract提取、NanoLC-MS/MS鉴定Sprague-Dawley大鼠脑皮层膜蛋白的组学方法,并用本法研究大鼠乳鼠及成年鼠皮层的差异膜蛋白.方法分离大鼠皮层后,通过Novagen ProteoExtract跨膜蛋白抽提试剂盒(简称TM-PEK)中的不同提取液(提取缓冲液2A与提取缓冲液2B)抽提蛋白,经Filter Aided Proteome Prepa-ration(FASP)酶解、NanoLC分离、Orbitrap Fusion高分辨质谱采集数据,通过Proteome Discover软件解析所提取到的蛋白,并对这些蛋白的疏水性、跨膜情况及生物信息学进行分析.结果提取缓冲液2B可以鉴定出疏水性蛋白(GRAVY值>0)618个,具有跨膜区域(TMDs>1)的蛋白304个,而缓冲液2A仅能鉴定出48个疏水性蛋白和21个具有跨膜区域的蛋白,且Gene Ontology分析显示,提取液2B所抽提到的蛋白在膜(membrane)、膜部分(membrane part)和拟核(nucleoid)中明显富集.从新生大鼠和成年大鼠皮质的不同皮质蛋白中可以清楚地看到,大量涉及细胞间相互作用的突触蛋白在成年大鼠中明显富集,而新生大鼠中涉及蛋白质合成的蛋白明显高于成年鼠.结论本研究建立了基于TM-PEK试剂盒提取、NanoLC-MS/MS分析鉴定大鼠皮层膜蛋白的方法,并研究了大鼠乳鼠及成年鼠皮层的差异膜蛋白,成年鼠以突触为代表的细胞间的联系发生了明显变化,而乳鼠蛋白的合成较成年鼠旺盛.