换一批FOXA1敲除对苯并[a]芘恶性转化细胞THBEc1 miRNA表达谱的影响
Effects of forkhead box protein A1 knockout on microRNA expression profiles of benzo[a]pyrene malignant transformed cells THBEc1
摘要目的 研究叉头框蛋白A1(FOXA1)基因敲除对苯并[a]芘(BaP)恶性转化细胞THBEc1微RNA(miRNA)表达谱的影响,建立FOXA1与miRNA及其靶基因之间的调控网络,探讨FOXA1在BaP致癌作用中的可能机制.方法 采用二代测序(NGS)技术检测FOXA1敲除细胞THBEc1-ΔFOXA1-c34和对照细胞THBEc1-ctrl间的差异表达miRNA,通过RT-qPCR对miRNA测序结果进行验证.利用ENCORI、miRDB、mirDIP、miRWalk 和 TargetScan 8.0 数据库结合THBEc1-ΔFOXA1-c34 和 THBEc1-ctrl 细胞间 mRNA 的NGS结果,综合预测差异表达miRNA调控的差异表达基因(DEG).利用DAVID数据库对差异表达miR-NA 调控的 DEG进行GO和KEGG通路富集分析.利用STRING 12.0数据库和Cytoscape 3.10.2软件对差异表达miRNA调控的DEG所编码的蛋白质进行网络分析.结果 miRNA表达谱差异分析检出33个miR-NA 在 THBEc1-ΔFOXA1-c34和THBEc1-ctrl细胞间的表达差异倍数＞2或＜0.5(错误发现率＜0.05),其中13个 miRNA 在 THBEc1-ΔFOXA1-c34 细胞中表达低于 THBEc1-ctrl,20 个 miRNA 在 THBEc1-ΔFOXA1-c34细胞中表达高于THBEc1-ctrl.THBEc1-ΔFOXA1-c34细胞中11个表达下调的miRNA与32个表达上调的mRNA构成调控网络,16个表达上调的miRNA与56个表达下调的mRNA构成调控网络.上述27个差异表达miRNA通过对88个DEG的调控参与多种生物学过程,主要包括细胞生长、增殖、迁移、凋亡、血管生成、上皮-间充质转化和信号转导(TGF-β、Hippo、NF-κB和MAPK等通路)等.结论 FOXA1敲除后BaP恶性转化细胞THBEc1的miRNA表达谱发生改变.敲除FOXA1可能通过改变miRNA的表达水平影响TGF-β和MAPK等通路,从而抑制细胞增殖和迁移.
更多相关知识
- 浏览0
- 被引0
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
