换一批基于转录组数据的抗白色念珠菌化合物的预测和抗菌活性初步验证
Prediction and preliminary validation of anti-Candida albicans compounds based on transcriptome data
摘要目的 采用基于转录组数据的方法预测新的抗白色念珠菌化合物并验证其生物活性.方法 从GEO数据库中获得氟康唑处理白色念珠菌的转录组数据筛选获得差异表达基因.采用Metascape进行KEGG和GO富集分析、String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.差异基因采用CMap平台进行抗白色念珠菌化合物预测,测定预测化合物的最小抑菌浓度,并采用扫描电镜观察白色念珠菌形态变化,化合物与核心基因进行分子对接预测潜在的抗菌作用机制.结果 选取GSE159545数据集进行差异基因分析,共获得448个差异表达基因,其中上调基因222个,下调基因为224个;PPI网络中度值排名前10的基因分别为TRP5、HIS4、TRP3、PGI1、HIS5、URA7、DIM1、RPL7、ILV2和 GUA1;CMap 排名前 10 的化合物中染色素A3、放线菌酮、坦罗莫司和阿霉素为已知具有抗白色念珠菌活性的化合物;生物活性实验显示,GSK-1059615具有抗白色念珠菌活性,最小抑菌浓度为32 μg/mL,GSK-1059615与色氨酸合酶、CTP合酶、60S核糖体蛋白和乙酰羟酸合酶具有较强的结合能,是其潜在的抗菌靶点.结论 采用转录组数据和CMap相结合的方法预测新的抗白色念珠菌化合物抗白色念珠菌化合物发现提供了新思路和新方法.
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关键词
转录组白色念珠菌CMap分子对接蛋白质-蛋白质相互作用最小抑菌浓度生物活性TranscriptomeCandida albicansCMapMolecular dockingProtein-protein interactionMinimum inhibitory concentrationBioactivity
分类号
R915（药物基础科学）
栏目名称
DOI
10.12173/j.issn.2097-4922.202410061
发布时间
2025-03-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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