换一批濒危植物绒叶含笑叶绿体基因组密码子偏好性分析
Codon Usage Bias Analysis of Chloroplast Genome in Endangered Plant Michelia velutina
摘要目的:确定绒叶含笑叶绿体基因组密码子的使用模式以及其影响因素,为绒叶含笑物种改良及物种保护提供依据.方法:使用CodonW、Genepioneer等软件分析绒叶含笑的密码子偏好性.结果:绒叶含笑叶绿体基因组RSCU>1的密码子有31个,其中有29个以A/U结尾,GC含量GC1(49.21%)>GC2(41.53%)>GC3(30.87%),平均ENC值为46.87,有效筛选到5个最优密码子.PR2-plot、ENC-plot和中性绘图分析显示,绒叶含笑叶绿体基因组密码子使用偏好性形成的主导因素为自然选择.绒叶含笑CDS序列的系统发育树和相对同义密码子使用度值的聚类分析结果显示,物种亲缘关系与密码子使用偏好性具有正相关关系;RSCU聚类结果只体现出科级别的特异性.IR边界分析与核苷酸变异性分析展现了叶绿体基因组的保守性,并验证了密码子使用偏好性分析的结果.此外,还筛选出7个可用作系统发育和分类分析分子标记的高度变异区域.结论:绒叶含笑叶绿体基因组高度保守,其密码子使用偏好性较弱,自然选择是影响密码子使用偏好性形成的主要因素,物种亲缘关系与密码子使用偏好性具有正相关关系.
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分类号
Q94（植物学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1006-9690.2025.10.007
发布时间
2025-11-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
云南省林业与草原局极小种群保护项目（2024SJ11X-07）
云南大学专业学位研究生实践创新基金项目（ZC-24248825）
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