换一批结合分子对接、MD模拟和MM/PBSA自由能计算的虚拟筛选策略:寻找潜在抗肺纤维化VEGFR2抑制剂
Virtual screening strategies combining molecular docking,MD simulation and MM/PBSA free energy calculation:search for potential anti-pulmonary fibrosis VEGFR2 inhibitors
摘要目的 基于分子对接、分子动力学模拟和MM/PBSA自由能计算虚拟筛选技术,从中药中发现抗肺纤维化VEGFR2 抑制剂.方法 采用LeDock对接程序对肺纤维化VEGFR2 信号受体蛋白的多个共晶结构进行虚拟筛选方法学研究,发现1Y6B共晶结构对活性分子富集能力较强,利用此模型从中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP中筛选出与VEGFR2 蛋白结合能力较强,且符合类药性规则的5 个活性化合物.结果 结合亲和力数据表明两个候选化合物MOL006504 和MOL007136 与受体蛋白有较强的相互作用.分子动力学模拟显示,两个化合物与蛋白受体均能稳定结合.MM/PBSA结合自由能计算显示,候选化合物与受体的结合自由能均与原配体相近,主要作用方式为范德华力、静电作用和表面溶剂化作用.结论 通过分子对接、分子动力学模拟及 MM/PBSA 自由能计算等技术,筛选得到两个化合物MOL006504 和MOL007136,可与靶蛋白(VEGFR2)稳定结合,结合构象稳定性及能量特征分析结果表明,两个化合物展现出良好的VEGFR2 抑制活性,为开发高效、低毒的抗肺纤维化药物提供了有益的探索与思路.
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关键词
肺纤维化VEGFR2分子对接虚拟筛选分子动力学模拟pulmonary fibrosisVEGFR2molecular dockingvirtual screeningmolecular dynamics simu-lation
分类号
R918（药物基础科学）
栏目名称
DOI
10.14142/j.cnki.cn21-1313/r.2025.05.002
发布时间
2025-11-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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