GRAMD1C和核受体亚家族3C组成员2作为溃疡性结肠炎生物学标志物的相关研究
GRAMD1C and NR3C2 as biological markers for ulcerative colitis:a related study
摘要目的 通过生物信息学分析方法寻找溃疡性结肠炎(UC)潜在的血液生物学标志物,为临床对 UC 的早期诊断和病情监测提供实验室支持,同时为探索 UC 发病机制提供新的思路和研究方向.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载 GSE87473 和 GSE94648 两个数据集,分别在这 2 个数据集的 UC 组和健康对照(HC)组间通过R 语言进行差异表达分析,筛选出差异基因(DEGs),以结肠组织和血液中共有的下调DEGs 作为核心基因.以核心基因表达量中位数把 GSE87473 的 UC 组样本分为高表达组和低表达组,进行免疫浸润细胞和免疫检查点(ICB)的分组比较.通过外部验证数据集 GSE66407 和 GSE126124 对核心基因进行验证并通过动物实验进一步证实.结果 GSE87473 筛选出DEGs 共 974 个,其中上调基因 563 个,下调基因411 个;GSE94648 筛选出 DEGs 共有 215 个,其中上调基因 144 个,下调基因 71 个.这 2 个数据集共有上调 DEGs 22 个;共有下调 DEGs 2 个分别是 GRAMD1C 和核受体亚家族 3C 组成员 2(NR3C2).以GRAMD1C 表达量中位数(6.308)将 UC 组样本分为高表达组和低表达组,调节性 T 细胞和中性粒细胞在低表达组浸润比例高于高表达组,差异具有统计学意义(P<0.05).ICB 分析结果显示与高表达组相比,低表达组CD274和PDCD1LG2表达量上调(P<0.05).以NR3C2表达量中位数(9.330)将UC组样本分为高表达组和低表达组,调节性T 细胞和中性粒细胞在低表达组浸润比例高于高表达组,差异具有统计学意义(P<0.05).ICB分析结果显示与高表达组相比,低表达组 CD274 和 PDCD1LG2 表达量上调(P<0.05).外部验证数据集GSE66407 和 GSE126124 进一步证实在 UC 组样本中 GRAMD1C 和 NR3C2 表达量比 HC 组低(P<0.05).在UC 组小鼠模型结肠组织中 Gramd1c 和 Nr3c2 表达量比 HC 组低(P<0.05),在 UC 组小鼠血液中 Nr3c2 表达量比HC 组低(P<0.05),但是 Gramd1c 表达量和 HC 组差异无统计学意义(P>0.05).结论 NR3C2 在 UC 结肠组织和血液中均表达下调,推测 NR3C2 是 UC 潜在血液生物学标志物,对 UC 病情判断、疗效观察和预后评估有一定的临床价值.GRAMD1C在UC 结肠组织中表达下调,将 UC发病机制与自噬缺陷联系起来,下调GRAMD1C提高自噬,可能是机体的一种自我保护机制,以减轻肠道炎症反应.
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