基于系统生物信息学的鼻咽癌关键预测基因筛选及实验验证

Key Prediction Genes of Nasopharyngeal Carcinoma:Screening Based on Systematic Bioinformatics and Validation by Cell Experiments

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摘要目的基于系统生物信息学分析鼻咽癌样本基因芯片数据,筛选鼻咽癌的潜在预测基因,并对其进行实验验证.方法通过基因表达综合数据库筛选鼻咽癌数据集,通过limma包进行差异分析,加权基因共表达网络包进行加权基因共表达网络分析,绘制韦恩图寻找共同基因,进行基因本体富集分析及京都基因与基因组百科全书通路分析.通过蛋白质互作网络、LASSO回归及非参数检验,进一步挖掘鼻咽癌的生物标志物.通过实时荧光定量PCR和Western blot对鼻咽癌关键预测基因的mRNA及蛋白表达情况进行检测,验证结果.结果 GSE12452 数据集上调基因共622 个,下调基因共351 个,通过limma分析及加权基因共表达网络分析并交集最终获取116 个交集基因,通过富集分析,生物过程主要包括细胞增殖及调控、细胞间黏附的调节等,富集于Rap1 信号通路、Ras信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等通路,经过筛选得到血管生成素2(ANGPT2)、双氧化酶2(DUOX2)、人组织因子Ⅲ(F3)、白细胞介素-15(IL-15)、脂质运载蛋白2、视黄酸受体相关孤儿受体B(RORB)共6 个关键基因,实时荧光定量PCR和Western blot实验证明ANGPT2、IL-15 的mRNA和蛋白在鼻咽癌细胞中高表达,DUOX2、F3、RORB的mRNA和蛋白低表达.结论 ANGPT2、DUOX2、F3、IL-15、RORB为鼻咽癌的潜在预测分子标志物和治疗靶点,其机制可能与Rap1、Ras、肿瘤坏死因子等信号通路有关.

作者黄子葵 ^[1] 李斐 ^[1] 陈跃洲 ^[2] 刘佳铭 ^[3] 刘嘉俊 ^[4] 蓝素珍 ^[5] 学术成果认领

作者单位赣州市人民医院中医科, 江西赣州 341000 ^[1] 广州中医药大学深圳临床医学院, 广东深圳 518116 ^[2] 广州中医药大学第二临床医学院, 广州 510405 ^[3] 广州中医药大学针灸康复临床医学院, 广州 510405 ^[4] 赣州市人民医院肿瘤科, 江西赣州 341000 ^[5]

关键词鼻咽癌生物信息学分析基因表达综合数据库加权基因共表达网络分析生物标志物差异表达基因关键基因 nasopharyngeal carcinoma bioinformatics analysis Gene Expression Omnibus weighted gene co-expression net-work analysis biomarkers differentially expressed gene key gene

分类号 R739.6

栏目名称论著

DOI 10.3881/j.issn.1000-503X.15503

发布时间 2023-09-08

基金项目

江西省卫生计生委中医药科研课题