换一批
换一批基于网络靶点收敛算法预测治疗晚期肺腺癌的候选药物
Prediction of drug candidates for the treatment of advanced lung adenocarcinoma based on network target convergence algorithm
摘要目的:筛选晚期肺腺癌调控网络的收敛基因集,借助关联性图谱(CMap)预测治疗晚期肺腺癌的候选药物.方法:利用TCGA数据库检索肺腺癌转录组与临床数据,使用R4.0.3软件筛选肺腺癌早晚期患者的差异基因,使用Kaplan-Meier与log秩检验识别预后基因.DAVID和KEGG数据库对预后基因进行富集分析.依据背景网络构建差异预后基因调控网络,集体影响(CI)算法计算网络收敛基因集,将基因集导入CMap获得治疗晚期肺腺癌的候选药物,进一步对候选药物进行查找和分析.结果:共获得差异表达基因3409个,其中1981个与生存显著相关.富集分析结果显示,预后基因主要与细胞分裂、染色体分离、有丝分裂细胞周期、DNA复制、B细胞激活、T细胞激活等生物学过程相关;CI方法筛选得到晚期肺腺癌收敛预后基因96个,通过CMap连接图计算得到排名前20的候选化合物,其中,thapsigargin和nutlin-3通过文献验证对晚期肺腺癌有潜在的治疗作用.结论:借助生物信息学、网络靶点收敛算法和CMap数据库挖掘对晚期肺腺癌具有治疗作用的药物,为发现疾病的候选治疗靶点与药物开辟了新途径和思路.
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关键词
晚期肺腺癌预后基因复杂网络靶点收敛抗致癌药advanced lung adenocarcinomaprognostic genecomplex networktarget convergenceanticancer agent
分类号
R318
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1005-202X.2024.04.016
发布时间
2024-05-06
基金项目
国家科技重大专项（2017ZX09301059）
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