换一批生物信息分析验证基于lncRNA标签预测HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者总生存率
Bioinformatic analysis validates lncRNA signature as a predictor of overall survival in patients with HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma
摘要目的:采用生物信息分析方法研究影响HPV阴性头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者总生存率的相关因素,为HNSCC患者的预后预测及治疗提供依据.方法:从TCGA数据库获取HPV阴性HNSCC患者的病变组织和癌旁组织的原始RNA测序数据以及相应病人的临床信息,Survival R工具包对所有差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)进行单变量Cox回归分析,使用JAVA程序,利用MSigDB C2经典通路基因集集合进行基因集富集分析,采用LASSO方法的Cox回归对数据降维和模型构建,计算每个患者的风险评分.结果:研究发现153个lncRNA与HPV阴性HNSCC患者的总生存率显著相关,时间依赖性分析表明,13个lncRNA特征在训练集中具有良好的预测性能,多变量Cox回归和分层分析表明,基于13-lncRNA标签的风险评分可作为HPV阴性HNSCC患者的独立预后因素.结论:13-lncRNA标签可能是HPV阴性HNSCC预后的新型独立生物标志物.
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关键词
头颈部鳞状细胞癌长链非编码RNA人乳头瘤病毒生存率生物信息分析head and neck squamous cell carcinomalong non-coding RNAhuman papillomavirussurvivalbioinformatics analysis
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1005-202X.2025.02.019
发布时间
2025-02-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广东省自然科学基金（2015A030313309）
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