三个国家142株新型隐球菌格鲁比变种的多位点微卫星分型比较
Comparison of multilocus microsatellite typing of 142 Cryptococcus neoformans var.grubii strains from three countries
摘要目的 比较来自中国、日本和巴西的142株新型隐球菌格鲁比变种的多位点微卫星分型(MLMT)特征.方法 选择新型隐球菌格鲁比变种株142 株,其中采集自中国40 株,日本13 株,巴西89 株;有73 株(中国30 株,日本7 株,巴西36 株)从临床患者标本中分离获得,另69 株(中国10 株,日本6 株,巴西53 株)从环境物(鸽粪)标本中分离获得.所有研究菌株均由日本千叶大学医学真菌研究中心提供.提取菌株 DNA,对微卫星位点 CNG1(TA)、CNG2(GA)、CNG3(CAT)进行扩增和测序,通过 Chromas 软件计算基序重复数以确定基因型,并基于辛普森指数(D)评估基因型多样性.结果 142 株菌株共有17 种 MLMT 基因型(中国菌株检出6 种,日本菌株检出2 种,巴西菌株检出13 种).以 MLMT-17 型占比最高(38.03%,54/142),在三个国家的临床和环境标本中均有检出.MLMT-2 型和 MLMT-34 型在三个国家均有检出.中国、日本和巴西三个国家菌株的辛普森指数(D)分别为0.32、0.15 和0.82,巴西菌株的基因型多样性较中国(χ2=76.521,P<0.001)和日本(Fisher 确切概率法,P<0.001)更高,而中国和日本菌株的基因型多样性比较差异无统计学意义(Fisher确切概率法,P=0.287).按标本来源进行分层比较,环境菌株的基因型多样性显著高于临床菌株[辛普森指数(D):0.68 vs 0.76;χ2=54.810,P<0.001].结论 新型隐球菌格鲁比变种的基因型构成可能存在地域差异.中国和日本以 MLMT-17 型为主,巴西以 MLMT-36 型为主,且巴西基因型多样性更高.
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