换一批基于GEO数据库的衰老关键基因筛选与生物信息学分析
GEO database-based screening and bioinformatics analysis of key aging-related genes
摘要目的 应用生物信息学方法,筛选衰老关键基因,探究衰老的机制以及衰老相关通路与认知之间的关联.方法 从GEO数据库下载大鼠海马样本的衰老相关芯片数据,使用R语言筛选差异表达基因(DEGs),进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;使用STRING 12.0数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并应用Cytoscape软件及其插件CytoHubba分析PPI网络中的枢纽基因,筛选衰老相关关键基因.结果 在GSE5666数据集中,共筛选出23个表达上调的衰老相关DEGs,未筛选出表达下调的衰老相关DEGs及认知功能相关的DEGs;在GSE9990数据集中,共筛选出70个表达上调和9个表达下调的衰老相关DEGs.GO功能富集分析显示上述DEGs主要参与抗原呈递、适应性免疫反应、免疫球蛋白介导的免疫反应等生物学进程;KEGG通路分析显示DEGs主要集中在感染和免疫相关通路.通过PPI网络分析发现,GSE9990数据集与GSE5666数据集存在4个共同的关键基因:Cd74、RT1-Da、C1qb、Ctss.结论 Ⅱ类主要组织相容性复合体参与的免疫反应与大鼠衰老相关,但衰老相关基因不一定与认知功能缺陷有关联.
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关键词
衰老抗原呈递免疫Ⅱ类主要组织相容性复合体差异表达基因生物信息学AgingAntigen processingImmunityMajor histocompatibility complex class ⅡDifferentially expressed genesBioinformatics
栏目名称
DOI
10.16121/j.cnki.cn45-1347/r.2025.02.12
发布时间
2025-07-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广西自然科学基金项目（2020JJA140152）
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