换一批依那西普融合蛋白二聚体在真空和水溶液中活性结构稳定性的拉伸模拟方法研究
Investigation of Structural Stability of Etanercept in Vacuum and Aqueous Solution by Steered Molecular Dynamics Simulation
摘要目的 研究单克隆抗体依那西普融合蛋白二聚体在不同状态下的动力学稳定性和热力学稳定性,为其活性保护的研究奠定基础.方法 利用Gromacs 4.6分子模拟软件和Amber99sb-ildn分子力场以及拉伸模拟和伞状采样的方法,获取依那西普抗体蛋白的解离自由能和解离拉力的变化.结果 研究结果表明,依那西普抗体蛋白在真空中的解离自由能是在水溶液中的10.05倍,其在真空中解离的平均作用力是在水溶液中的3.03倍.溶剂化环境对于抗体蛋白的稳定性具有显著的影响,而真空冷冻干燥可以提高其结构的稳定性.结论 拉伸模拟过程中,最大拉力简单易得,且影响因素少,可以用最大拉力表征抗体蛋白二聚体的活性结构稳定性.
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关键词
拉伸模拟伞状采样依那西普活性结构稳定性自由能steered molecular dynamicumbrella samplingactive structure stabilityetanerceptpotential of mean forcel
分类号
R944（药剂学）
栏目名称
DOI
10.11669/cpj.2016.10.003
发布时间
2016-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（51076108）
上海市重点学科建设项目（T0503）
上海市重点学科建设项目（P0502）
上海市自然科学基金（12ZR1420400）
国家国际科技合作专项基金（12430702000）
:上海市联盟计划
上海理工大学人文社会科学研究项目（14YZ092）
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