换一批PCR引物浓度对寡核苷酸液相杂交的影响
Effects of the primer concentration on the liquid-phase oligonucleotide hybridization
摘要目的 考察PCR引物浓度配比对液相微珠杂交效率的影响,寻求具有较强杂交信号和较好稳定性的PCR引物浓度配比.方法 建立HLA-DRBl等位基因的相关数据库,选择在HLA-DRBI位点的第二外显子上设计探针,并且选择其保守序列作为阳性对照探针(DPC2),DPC2探针中间位点T突变成A作为阴性对照探针(DNC).分别针对标本C2-008、C2-024、C2-025的等位基因序列设计出6条约21bp的寡核苷酸探针,各探针5'端用氨基(NH2)修饰.通过引物浓度梯度配比(1:100、1:50、1:20、1:8、1:4、1:2、1:1),对型别已知的细胞株DNA进行PCR扩增并得到目的 片段(1:100配比除外),在相同条件下将PCR产物与寡核苷酸探针进行液相杂交检测.结果 浓度配比为1:1的对称式扩增产物杂交结果不理想,而浓度配比分别为1:20、1:8、1:4、1:2的不对称扩增均得到了待检单链、双链DNA混合物,其中1:4浓度配比具有最好的扩增效率和稳定性.根据阳性信号与阳性标本是否相符表明:引物浓度配比为1:100的不对称PCR和1:1的对称PCR检测效果差,易出现假阴性;1:2、1:4、1:8、1:20配比检测效果较好,比较稳定.结论 PCR引物浓度配比影响液相微珠杂交效率,不对称PCR产物有利于提高杂交效率,为快速成功配制PCR试剂奠定了基础,有利于寡核苷酸液相芯片的应用.
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关键词
聚合酶链反应寡核苷酸序列分析核酸杂交Polymerase chain reactionOligonucleotide array sequence analysisNucleic acid hybridization
医学主题词
聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction)寡核苷酸序列分析(Oligonucleotide Array Sequence Analysis)核酸杂交(Nucleic Acid Hybridization)效率(Efficiency)目的(Goals)
分类号
R3（基础医学）
栏目名称
DOI
10.3969/cmba.j.issn.1673-713X.2010.02.008
发布时间
2010-06-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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