换一批快速分析人体肠道微生物基因组氮循环基因家族数据库的构建
Constructing a rapid analysis database of nitrogen cycling gene families in the human gut microbiota genome
摘要目的 建立一个可高效、准确查询人类肠道微生物基因组中参与氮代谢循环的基因家(亚)族的数据库.方法 使用 MySQL 数据库系统,整理不同来源肠道微生物氮代谢循环的相关基因家(亚)族信息,重构氮代谢循环图,优化数据库索引功能,构建出专用于人类肠道微生物氮代谢循环基因家(亚)族查询的数据库.结果 建立了包括 30 个参与氮代谢循环的基因家(亚)族、手动管理的特异性针对人体肠道微生物氮代谢组的小型基因数据库—— HNmeta,并通过数据库中的数据归类、主键设置、检索优化,实现了对生理生化反应相关反应物与参与基因族的对应查询,与其他数据库比较,查询分析氮代谢循环相关基因准确度高、特异性好.结论 构建的数据库具有小型化、专一化的特点,可提高人类肠道微生物相关氮代谢循环基因以代谢链条分类的检索效率,助力人体肠道微生物基因组及其代谢组学研究.
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