换一批
换一批宫颈上皮内瘤变进展相关基因的生物信息学分析
Bioinformatics analysis of genes related to the progress of cervical intraepithelial neoplasia
摘要目的：基于芯片数据采用生物信息学方法，挖掘与宫颈上皮内瘤变（cervical intraepithelial neoplasia，CIN）进展相关的信号通路和潜在差异表达基因。方法：在GEO数据库中筛选CIN进展相关mRNA表达谱芯片数据，并通过生物信息学方法进行再次分析。结果：在GEO数据库获得GSE63514、GSE51993芯片数据，将共同差异表达基因信号通路富集获得Wnt、Endocytosis、Vibrio cholerae infection与CIN进展显著相关的3条信号通路，及调控这些信号通路的14个差异表达基因。通过生物学注释与文本挖掘，发现3个基因与CIN进展相关，另有9个基因与肿瘤的进展和复发相关。通过GeneMania工具分析发现所有筛选的基因都与已知的CIN相关基因互作形成蛋白互作网络。其中CCND2和TGFBR2与多个已知基因存在直接互作。结论：通过对芯片数据再次分析，筛选出3条信号通路及14个差异表达基因与CIN进展相关。
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关键词
宫颈上皮内瘤变进展表达谱基因芯片生物信息学cervical intraepithelial neoplasiaprogressexpression profilingmicroarray genebioinformatics
栏目名称
基础研究
DOI
10.3969/j.issn.1000-8179.2016.19.614
发布时间
2016-11-03
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