换一批
换一批基于RNA-seq数据的生姜NAC转录因子家族鉴定及分析
Identification and analysis of NAC family in ginger (Zingiber officinale) based on RNA-seq data
摘要NAC家族是植物特有的转录因子,广泛参与植物生长发育、信号传导和逆境应答等过程.该研究基于生姜RNA-seq数据,利用生物信息学方法对生姜NAC家族成员、亚族分类、理化性质、蛋白质结构和表达模式进行预测和分析,结果显示:在271.1Mb生姜转录组数据中筛选得到72个生姜NAC转录因子,通过进化树分析将其分为13个亚族;不同亚族NAC蛋白质的理化性质,如氨基酸数目、等电点等存在差异,二级结构主要以无规则卷曲为主要构成元件,三级结构相似性较高;23个NAC转录因子在不同土壤湿度及青枯菌Ralstonia solanacearum侵染处理下呈现显著的表达差异,其主要分布在与植物衰老、激素代谢和细胞壁代谢相关的第Ⅻ,ⅩⅤ,Ⅷ亚族.该研究结果为生姜NAC基因家族的研究和利用提供了理论依据.
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栏目名称
分子生药学
发布时间
2018-06-06
基金项目
国家自然科学青年基金项目
重庆市前沿与应用基础研究项目
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