小鼠急性未分型流感嗜血杆菌中耳炎差异基因的互作网络特征分析

Interaction network analysis of differentially expressed genes in mice with unclassified haemophilus influenzae induced otitis media

二维码有效期 120s

摘要目的利用基因表达数据库(GEO)查找小鼠中耳炎表达谱基因芯片原始数据,建立中耳炎基因互作网络图.方法从公共数据库GEO中下载小鼠中耳炎相关数据集,采用Affymetrix Expression Console软件和Tran?scriptome Analysis Console(TAC)软件筛选差异表达基因,将差异基因导入STRING在线数据库进行分析,绘制差异基因互作网络图,并将互作网络数据导入Cytoscape 3.4.0软件中,筛选网络中心节点,并取其中相对独立、作用较为集中且与炎症基因相关子网络,采用David在线工具对其进行功能注释富集分析.结果共筛选出1166个差异表达基因,其中表达上调793个,表达下调373个,经STRING在线工具筛选后共有459个小鼠中耳炎差异基因编码的蛋白存在相互作用,并得到相应蛋白互作网络,分析其中与炎症相关子网络.结论本研究利用生物信息学技术构建了中耳炎差异基因互作网络,其中的网络中心节点基因,对于中耳炎分子机制研究及靶向治疗具有指导作用.

作者刘佳丽 ^[1] 王维 ^[2] 王子萌 ^[3] 范芳梅 ^[3] 马毓蓉 ^[3] 余林 ^[1] 何於娟 ^[3] 学术成果认领

作者单位重庆医科大学附属第一医院耳鼻咽喉科重庆400016 ^[1] 重庆医科大学检验医学院,临床检验诊断学教育部重点实验室重庆400016;重庆市第六人民医院重庆400080 ^[2] 重庆医科大学检验医学院,临床检验诊断学教育部重点实验室重庆,400016 ^[3]

关键词未分型流感嗜血杆菌中耳炎基因芯片互作网络 Nontypeable Haemophilus influenzae Otitis media Microarray Interaction network

主题词基因(Genes)中耳炎(Otitis Media)流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)小鼠(Mice)数据库(Database)

分类号 R764.21

栏目名称 基础研究

DOI 10.3969/j.issn.1672-2922.2017.01.018

发布时间 2017-04-01

基金项目

国家自然科学基金 重庆市自然科学基金 重庆市教委科学技术研究项目 国家临床重点专科建设项目经费基金资助卫办医政函[2012]649号This work was supported by the National Natural Science Foundation of China supported by the Nation-al Natural Science Foundation of China supported by the Project Foundation of Chongqing Municipal Education Committee supported by National Key Clinical Specialties Construction Program of china