换一批10种藏药材ccmFN基因片段密码子偏好性分析
Analysis of codon usage bias for the partial sequences of ccmFN of ten Tibetan traditional medicines
摘要目的 分析苞叶雪莲、砂生槐、西藏大戟、拉萨小檗、桃儿七、樱草杜鹃、大花黄牡丹、总状绿绒蒿、拉萨蒲公英、藏橐吾10种藏药材的ccmFN基因片段密码子偏好性.方法 运用Codon软件对ccmFN基因部分片段密码子组成、密码子使用性各参数和同义密码子相对使用度进行计算和统计分析,从而分析密码子的使用情况;利用ENC绘图、PR2绘图推测影响密码子偏性的因素.结果 ccmFN基因部分片段共同的偏好密码子为GCU、GAU、GAG、GGA、AUU、UUA、CUA、AAU、CCC、CAG、CGU、CGG,且偏好使用以U/A结尾的密码子.ENC绘图表明,10种单子叶植物受自然选择作用的影响比10种双子叶植物和10种藏药材大;PR2绘图表明,密码子第3位的碱基A和T使用不对称,从而影响密码子的偏好使用.结论 ccmFN基因部分片段密码子使用偏好性在苞叶雪莲等10种藏药材、10种双子叶植物、10种单子叶植物中差异不大,表明此区域在植物中具有保守性,突变作用是导致密码子偏好的主要因素.
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分类号
R284.1（中药学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1001-1528.2018.07.023
发布时间
2018-08-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
湖南师范大学蛋白质与发育生物学教育部重点实验室开放课题（2014;2015DF03）
国家自然科学基金（2015ZR-13-5）
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