摘要目的 本研究基于公开的基孔肯雅病毒(CHIKV)多组学数据库,整合多组学分析方法,揭示CHIKV感染过程中微小RNA(miR)的调控机制,并预测CHIKV感染的潜在治疗药物.方法 通过分析基因表达综合数据库中多个数据集(GSE49985、GSE49884、GSE143390),使用R语言limma包鉴定差异表达信使 RNA(DEmRNA)和差异表达 miR(DEmiR).利用 miRTarBase、miRDB 和 TargetScanHuman 数据库预测DEmiR的靶基因,构建CHIKV感染的miR-mRNA负调控网络.最后,基于EpiMed平台、Connectivity Map数据库和高通量虚拟筛选预测潜在治疗药物.结果 研究鉴定了 1 134个DEmRNA和54个DEmiR;基因本体论分析结果显示,DEmRNA显著参与细胞周期、染色体分离、蛋白质折叠等生物学过程;京都基因与基因组百科全书分析结果显示,DEmRNA在病毒感染、蛋白质加工、溶酶体和神经退行性疾病等通路中富集.miR-mRNA负调控网络包含29对上调miR-下调mRNA和90对下调miR-上调mRNA;利用Cytoscape软件的cytoHubba插件中的最大团中心性算法筛选预测的靶基因,构建子调控网络.通过药物预测,EpiMed平台识别出94种候选药物,Connectivity Map数据库筛选出2 907种候选药物,经过高通量虚拟筛选进行综合评估,最终确定氯硝西泮、奈韦拉平、伊曲康唑、匹美克莫司和美洛昔康等5种与CHIKV感染典型临床症状相关的潜在治疗药物.结论 本研究构建了 CHIKV感染相关miR-mRNA负调控网络并筛选关键基因,进一步结合药物重定位与虚拟筛选预测5种潜在候选药物,为CHIKV靶向干预提供了系统生物学线索与候选资源.