换一批基于GEO数据库的热射病神经损伤相关基因的生物信息学分析
Bioinformatic analysis of genes related to nerve injury in heat stroke based on GEO database
摘要目的:通过生物信息学检索热射病神经损伤的相关基因，探究热射病神经损伤的可能分子机制并进行初步验证。方法:（1）以2022年4月作为时间截点，基于基因表达数据库（GEO）筛选热射病神经损伤相关基因表达谱数据，通过检索数据集GSE64778获得差异表达基因（DEGs），结合GeneCards和CTD数据库检索热射病相关靶基因，取交集筛选获得候选靶基因。采用R语言的"ClusterProfiler"包对热射病相关候选靶基因进行GO和KEGG富集分析；进一步使用STRING数据库构建靶基因的交互作用网络图，并对关键基因进行相关性分析获得核心基因。（2）收集江苏省南通市第一人民医院自2022年6~8月收治的热射病患者的外周血，通过PCR技术进行核心基因的表达验证。结果:（1）GSE64778数据集的SRA数据筛选，共获得1178个DEGs，其中322个上调，856个下调。GeneCards数据库筛选出2914个基因，CTD数据库筛选出2377个基因。将GSE64778数据集差异表达排名前300的基因，与GeneCards和CTD数据库检索结果取交集，最终筛选出25个候选DEGs。（2）GO功能注释结果显示靶基因主要参与细胞凋亡、应激反应以及细胞过程的负调控，在蛋白质二聚化和蛋白结合等过程中发挥功能。KEGG通路富集分析显示候选靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路。PPI网络分析显示Hsp90AA1是Degree值最高的枢纽基因，且在PI3K-Akt信号通路中富集。（3）经qRT-PCR验证，Hsp90AA1在热射病早期神经损伤患者中的表达均与生物信息学分析结果一致。结论:Hsp90AA1可能为热射病神经损伤主要的影响基因，与细胞凋亡、应激反应以及细胞过程的负调控相关。
更多相关知识
- 浏览65
- 被引0
- 下载0
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
