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基于DNA芯片的细菌基因表达谱技术的建立与评价

Development and evaluation of the DNA microarray-based bacterial gene expression profiling

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摘要目的建立和优化基于全基因组DNA芯片的细菌基因表达谱技术,并用实时定量RT-PCR对此技术平台进行评价.方法提取并纯化鼠疫耶尔森菌总RNA,以六核苷酸随机引物(N6)和/或基因组特异引物(GDP)逆转录合成cDNA,用CY染料直接或间接标记后,与包括鼠疫耶尔森菌4005个ORF的全基因组芯片杂交,通过芯片扫描仪获得表达谱分析结果,归一化后进行分析.结果用实时定量PCR技术验证.结果采用N6+GDP混合引物以间接法标记获得了较为理想的结果,表达谱技术与实时定量PCR技术所得结果高度相关,证明了此技术的可靠性和实验设计与数据分析的合理性.结论合理的设计和归一化的分析方法是基于DNA芯片的细菌基因表达谱分析成功的关键,该技术的建立为细菌功能基因组研究奠定了基础.

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作者庞昕 ^[1] 韩延平 ^[2] 周冬生 ^[2] 宋亚军 ^[2] 张玲 ^[2] 翟俊辉 ^[2] 王津 ^[2] 郭兆彪 ^[2] 杨瑞馥 ^[2] 学术成果认领

作者单位 250100,济南,山东大学微生物技术国家重点实验室 ^[1] 100071,北京,病原微生物生物安全国家重点实验室,军事医学科学院微生物流行病研究所 ^[2]

关键词 DNA芯片细菌基因表达谱

主题词基因, 细菌(Genes, Bacterial)细菌(Bacteria)基因表达谱(Gene Expression Profiling)基因组(Genome)方法(Methods)

分类号 R392

栏目名称 免疫检测

DOI 10.3760/j:issn:0254-5101.2006.02.025

发布时间 2006-04-26

基金项目

国家高技术研究发展计划(863计划)

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中华微生物学和免疫学杂志

中华微生物学和免疫学杂志

2006年26卷2期

179-184页

ISTICPKUCSCDCABP

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