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肥厚型心肌病的关键基因：一项基于加权基因共表达网络的分析

Identification of key genes and pathways in hypertrophic cardiomyopathy via weighted gene co-expression network analysis

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摘要目的:利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法筛选与肥厚型心肌病（HCM）发生相关的关键基因，为今后的研究提供线索。方法:首先，从公共基因表达数据库（GEO）下载GSE36961和GSE160997数据集，使用R语言中的“limma”和“WGCNA”程序包分别来筛选差异表达基因和构建基因共表达模块，并计算基因模块与样本性状之间的相关性。接着，选取相关性最强的基因模块进行基因功能基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析。最后，对差异表达基因和关键模块中重叠的基因建立蛋白质相互作用网络，并使用“cytoHubba”插件筛选出内部连接度最高的枢纽基因作为HCM发病的关键基因。结果:通过WGCNA分析构建了15个共表达基因模块，其中red模块和brown模块是与HCM相关性最高的关键模块，并通过富集分析发现关键模块内基因功能集中在细胞内阳离子稳态、含胶原细胞外基质和肌动蛋白结合等生物学过程。在文献查阅的基础上结合蛋白相互作用网络筛选出VSIG4、CD163、FCER1G和LAPTM5为关键基因。结论:本研究筛选出VSIG4、CD163、FCER1G和LAPTM5为HCM的关键基因。