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PCR-RFLP技术用于脓肿分枝杆菌群鉴定的初步研究

Preliminary study on the identification of Mycobacterium abscessus group with PCR-RFLP

摘要目的 探讨PCR-RFLP分子鉴定技术对脓肿分枝杆菌群鉴定的应用价值.方法 收集2009-2010年在福建省肺科医院、北京市朝阳区疾病预防控制中心、北京解放军总医院抗酸染色阳性菌株46株.根据2004年分枝杆菌检验手册临床检验常分离菌鉴定程序,用DNA直接测序方法为对照,以hsp65(441 bp)和rpoB(380 bp)基因的特异片段为分子标识,采用PCR-RFLP对脓肿分枝杆菌群临床分离菌株进行菌种鉴定.结果 接种L-J、PNB和TCH培养基,鉴定为结核分枝杆菌30株,非结核分枝杆菌16株.其中10株非结核分枝杆菌的培养特性和主要生化反应同脓肿分枝杆菌( ATCC 19977)结果一致.经hsp65 PCR-RFLP鉴定,9株菌株的指纹图谱为235和200 bp( BstEⅡ)/145、70、60、55、50和40 bp(HaeⅢ),1株菌株的指纹图谱为235和200 bp(BstEⅡ)/200、70、60和50 bp(HaeⅢ).经rpoB PCR-RFLP鉴定,10株临床菌株的指纹图谱是105、95和80 bp(MspⅠ)/130、100 bp和90 bp( HaeⅢ).DNA测序分析,9株分离株与脓肿分枝杆菌群脓肿亚种hsp65和rpoB基因序列匹配度均为100%;1株分离株与脓肿分枝杆菌群马赛分枝杆菌亚种hsp65和rpoB基因序列匹配度均为100%.结论 PCR-RFLP是一种快速、有效鉴定脓肿分枝杆菌的方法,且hsp65 PCR-RFLP的鉴定效果优于rpoB PCR-RFLP.

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abstractsObjective To investigate and evaluate the PCR-RFLP method for identification of Mycobacterium abscessus (M.abscessus) group.Methods 46 clinical acid-fast bacilli (AFB) isolates from Pulmonary Hospital of Fujian Province,Center for Disease Control and Prevention of Zhaoyang District in Beijing and Beijing People Liberation Army General Hospital were collected in 2009 -2010 and identified by traditional bacteriological characteristics according to clinical laboratory handbook of mycobacteria (2004).The PCR-RFLP method was used for species identification of M.abscessus group using hsp65 (441 bp) or rpoB (380 bp) gene fragment as specific target,while the direct DNA sequencing was performed as a control method.Results Of 46 AFB isolates,30 strains were identified as Mycobacterium tuberculosis by its traditional bacteriological characteristics and 16 strains were identified as non-tuberculosis mycobacterium (NTM).10 strains of the NTM strains had identical bacteriological characteristics with the reference strain M.abscessus ATCC 19977.Identified by hsp65 PCR-RFLP,9 of these 10 strains got the same pattern of 235bp and 200 bp(BstE Ⅱ )/145 bp,70 bp,60 bp,55 bp,50 bp and 40 bp(Hae Ⅲ ),and 1 got pattern of 235 bp and 200 bp(BstE Ⅱ )/200 bp,70 bp,60 bp and 50 bp(Hae Ⅲ ).While identified by rpoB PCRRFLP,all 10 strains got the same pattern of 105 bp,95 bp and 80 bp( Msp Ⅰ )/130 bp,100 bp and 90 bp (Hae Ⅲ ).By analysis of the DNA sequence,hsp65 and rpoB sequence of these 9 strains showed 100%similarity with those of M.abscessus,while the hsp65 and rpoB sequence of the other one strain showed 100%similarity with those of M.massiliense.Conclusion PCR-RFLP is a rapid and effective method for species identification of M.abscessus group,and hsp65 PCR-RFLP is more effective than rpoB PCR-PFLP in the species identification of M.abscessus group.

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2011年34卷11期

1017-1022页

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