换一批弗劳地柠檬酸杆菌复合群分子生物学和基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴定方法比较
A comparative Study on differential identification of Citrobacter freundii complex between molecular biological identification method and matrix assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry
摘要目的 评价目前常用的分子生物学鉴定方法对弗劳地柠檬酸杆菌复合群(Cfc)的鉴别能力,并寻找Cfc中流行菌种的质谱峰图的差异,便于快速、准确鉴定.方法 收集2015-2020年中国人民解放军总医院第一医学中心临床分离经基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定为Cfc的菌株共150株,二代测序获得基因组数据,并与美国国家生物技术信息中心(NCBI)柠檬酸杆菌属参考基因组进行平均核苷酸一致性(ANI)、单基因(rec N)、多基因串联(fusA-pyrG-leuS-rpoB和gyrB-rplB-fusA-leuS)、核心基因组单核苷酸多态性(coreSNP)、全基因组(WG)系统发育分析、数字DNA-DNA杂交分析(dDDH)、核糖体多位点序列分型(rMLST)分析、典型(菌株)基因组服务(TYGS)菌种鉴定分析,以ANI为鉴定"金标准",评价不同方法的鉴定能力.随机选取一定数量的弗劳地柠檬酸杆菌(Cfr)、布氏柠檬酸杆菌(Cbr)、葡萄牙柠檬酸杆菌(Cpo)使用科研(RUO)模式获得质谱峰图并进行比对,寻找质谱差异峰图.结果 MALDI-TOF MS现有数据建库对于Cfc的鉴定能力有限,Cpo易被错误鉴定为Cfr或Cbr.Cpo与Cfr和Cbr质谱峰图2 600～2 660m/z、5 200～5 300 m/z均有较明显的差异.gyrB-rplB-fusA-leuS多基因串联、CoreSNP、WG系统发育分析有较高的鉴定准确率.结论 不同方法在Cfc菌种鉴定方面均存在一定的局限性,ANI结合WG系统发育等多种方法联合应用以及质谱数据库更新和新菌种及时建库方可实现Cfc准确的种鉴定.
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关键词
弗劳地柠檬酸杆菌复合群分子生物鉴定平均核苷酸一致性系统发育分析基质辅助激光解析电离飞行时间质谱Citrobacter freundii complexMolecular biological identificationAverage nucleotide identityPhyloge-netic analysisMatrix assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry
栏目名称
DOI
10.11816/cn.ni.2025-241715
发布时间
2025-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
北京市自然科学基金（L246011）
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