基于MALDI-TOF MS与机器学习算法建立KPC-2型CRKP快速鉴定模型
Establishment of KPC-2 type rapid identification model for CRKP based on MALDI-TOF MS and machine learning algorithms
摘要目的 探讨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)联合机器学习算法,建立携带KPC-2基因耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)的快速鉴定模型.方法 收集2023年1月—2023年12月广东省第二中医院临床住院患者分离的肺炎克雷伯菌(KP)菌株,碳青霉烯酶抑制剂增强试验及PCR法筛选验证得到携带KPC-2基因CRKP菌株.采用质谱配套的EX-Smartspec软件和卷积神经网络算法,结合特征峰分析,构建携带KPC-2基因CRKP和碳青霉烯类敏感肺炎克雷伯菌(CSKP)的鉴定模型,并对模型进行验证.结果 筛选验证得到携带KPC-2基因CRKP菌株110株;质谱的蛋白质聚合峰矩阵分析结果,于4 438.1、6 151.3 m/z处发现携带KPC-2基因CRKP两个特征峰,于 7 317.7 m/z处发现CSKP的1个特征峰,作为携带KPC-2基因CRKP和CSKP的鉴别标志;分型训练建立的模型在训练和内部验证阶段均展现高准确率(约0.97和0.98)和低损失值(约0.05和0.04);选取建模以外的15株KP菌株进行外部验证,携带KPC-2基因CRKP和CSKP的准确率均为100.00%.结论 利用MALDI-TOF MS联合机器学习算法初步建立携带KPC-2基因CRKP快速鉴定模型,为临床快速、合理治疗CRKP和控制医院感染提供依据.
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