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Statistical properties of nucleotide clusters in DNA sequences

摘要Using the complete genome of Plasmodiumfalciparum 3D7 which has 14 chromosomes as an example, we have examined the distribution functions for the amount of C or G and A or T consecutively and non-overlapping blocks of m bases in this system. The function P(S) about the number of the consecutive C-G or A-T content cluster conforms to the relation P(S)oce-as;values of the scaling exponent αCG are much larger than αAT; and αAT of 14 chromosomes are hardly changed, whereas αCG of 14chromosomes have a number of fluctuations. We found maximum value of A-T cluster size is much larger than C-G, which implies the existence of large A-T cluster. Our study of the width function ξ(m) of cluster C-G content showed that follows good power law ξ(m)ocm-γ. The average γ for 14 chromosomes is 0.931. These investigations provide some insight into the nucleotide clusters of DNA sequences, and help us understand other properties of DNA sequences.

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作者单位 Department of Physics, Jinhua University, Jinhua 321017, China [1] Department of Physics, Zhejiang University, Hangzhou 310027, China [2]
分类号 Q615
发布时间 2005-06-09(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
基金项目
国家自然科学基金(Nos. 20174036,20274040); 浙江省自然科学基金(Nos. R404047,10102)
提交
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浙江大学学报B(英文版)

浙江大学学报B(英文版)

2005年6B卷5期

408-412页

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