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Genome-wide analysis of OCT4 binding sites in glioblastoma cancer cells

摘要OCT4,a member of the POU family of gene products,is an octamer motif-binding transcription factor.As it is known to play a crucial role in cancer processes including proliferation,invasion,and chemoradioresistance,it is important to identify the direct targets of OCT4 in living cancer cells.Here,chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChlP-seq) was used to identify OCT4 binding sites in glioblastoma cancer cells.The results showed that 5438 OCT4 binding sites were localized in the glioblastoma cancer genome and that these sites contained a consensus sequence TTTkswTw (k=T or G,s=C or G,w=A or T),which occurred 3931 times in 2312 OCT4 binding regions.Furthermore,binding motifs of some other transcription factors were identified in OCT4 binding regions.Our results provide a valuable dataset for understanding gene regulation mechanisms underlying the function of OCT4 in glioblastoma cancer.

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分类号 R73(肿瘤学)
DOI 10.1631/jzus.B1100059
发布时间 2012-02-21(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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浙江大学学报(英文版)(B辑:生物医学和生物技术)

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