基于网络药理学和分子对接分析蒲公英的抗胃癌机制
Mechanism of Dandelion's Anti-Gastric Cancer Effects Based on Network Pharmacology and Molecular Docking Analysis
摘要目的:通过网络药理学预测蒲公英抗胃癌的活性成分和主要靶点,探析其治疗胃癌的作用机制.方法:采用TCMID、PubChem以及Swiss Target Prediction等数据库检索蒲公英的潜在活性成分,预测蒲公英潜在的作用靶点.利用OMIM、Genecards、Drugbank数据库检索胃癌相关靶点,将蒲公英作用靶点与胃癌相关靶点进行交集,明确药物-疾病共同靶点.将共同靶点导入STRING数据库分析蛋白互作关系,Cytoscape 3.9.1构建"药物-成分-靶点-疾病"网络图,Network Analyzer分析核心靶点.利用R软件使用Bioconductor对共同靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析.根据Degree值排序,分别取前 4 个主要活性成分及核心靶点采用AutoDock软件进行分子对接分析.结果:获得药物潜在活性成分 65 个,药物靶点 577 个,疾病靶点 1517 个,药物-疾病共同靶点 118 个.经分析得蒲公英中主要活性成分为artemetin、quercetin、luteolin、myricetin、hesperetin、coniferyl aldehyde、esculetin等,蛋白核心靶点为STAT3、SRC、MAPK3、HSP90AA1、PIK3R1、MAPK1、PIK3CA等.GO分析结果获得 2402 条生物过程、91 条细胞组分及 168 条分子功能相关过程通路.KEGG分析获得 163 条KEGG通路.分子对接结果显示Degree值前 4 的主要活性成分与核心靶点的分子对接结合能均低于-5 Kcal·mol-1,表明结合活性较高.结论:蒲公英可通过多成分、多通路、多靶点发挥抗胃癌作用,为进一步探讨蒲公英的抗胃癌机制提供了依据.
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