换一批杜仲CONSTANS-like全基因组鉴定、系统进化及表达模式分析
Genome-wide identification, system evolution and expression pattern analysis of CONSTANS-like in Eucommia ulmoides
摘要[目的]揭示CONSTANS-like在杜仲Eucommia ulmoides基因组中的分布、结构特征及表达模式.[方法]利用生物信息学方法,对杜仲CONSTANS-like基因家族进行鉴定及理化性质、进化关系、基因结构、启动子元件和表达模式分析.[结果]杜仲基因组中共鉴定到8个EuCOLs基因,分别命名为EuCOL1～EuCOL8,氨基酸数目为315～469,理论等电点分布范围为5.10～6.47,分子量为35.21～52.65 kDa.亚细胞定位预测均定位在细胞核中,为亲水性蛋白,分布于8条染色体.系统进化分为2个亚家族(群组Ⅰ和群组Ⅲ),分别包含2和6个EuCOLs蛋白,同一亚家族基序具有相似性.EuCOLs基因结构简单,启动子中含有多个光周期响应元件.表达模式分析显示:EuCOLs在杜仲叶片发育中表达水平相对较低,EuCOL7在杜仲胶形成中表达量最高,各家族成员表达特征存在差异.蛋白互作预测显示:EuCOL7可与多个光周期响应蛋白互作.[结论]杜仲CONSTANS-like基因家族含有典型的CCT和B-box结构域,可能参与叶片发育及杜仲胶的形成.
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栏目名称
DOI
10.11833/j.issn.2095-0756.20210385
发布时间
2022-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
河南省高等学校重点科研项目（22A360005）
国家林业
草原局/北京市共建竹藤科学与技术重点实验室开放基金资助项目（ICBR-2020-05）
国际竹藤中心安徽太平试验中心开放课题（1632021006-4）
河南中医药大学博士科研启动基金（RSBSJJ2019-04）
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