基于分子动力学模拟和自由能计算的EGFR-TKIs对EGFR 20外显子插入突变的敏感性研究
Predicting the sensitivity of different EGFR-TKIs to EGFR exon 20 insertion mutations based on molecular dynamics simulations and free energy calculations
摘要目的 采用分子动力学模拟和自由能计算等技术预测不同表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitors,EGFR-TKIs)对EGFR 20 外显子插入突变(EGFR 20 exon in-sertion mutation,EGFR ex20ins)的敏感性.方法 登录PubChem网站,下载奥希替尼(Osimertinib)、伏美替尼(Furmon-ertinib)、舒沃替尼(Sunvozertinib)的三维分子结构.登录RCSB PDB数据库,下载EGFR ex20ins的蛋白质晶体结构.使用Schr?dinger软件,分别将奥希替尼、伏美替尼、舒沃替尼与EGFR ex20ins晶体结构进行分子对接,并对其结合模式进行分析.随后使用 GROMACS 软件对 3 个EGFR-TKIs 与EGFR ex20ins 复合物进行分子动力学模拟(Molecular Dynamics Simulation,MD)、结合自由能计算、自由能形貌图构建(Free Energy Landscape,FEL)等,分析 3 个复合物结合的紧密性与稳定性.结果 三个小分子均能与EGFR活性位点结合,但是与奥希替尼相比,舒沃替尼、伏美替尼有更低的结合自由能以及更多的氢键数量,更低的溶剂可及表面积(Solvent Accessible Surface Area,SASA)、各氨基酸运动轨迹的均方根方差(Root Mean Square Deviation,RMSD)、均方根波动(Root Mean Square Fluctuation,RMSF)等计算结果也提示伏美替尼、舒沃替尼与EGFR ex20ins结合也较奥希替尼更加紧密与稳定.综上舒沃替尼与EGFR ex20ins的结合紧密性与稳定性最佳,伏美替尼其次,奥希替尼欠佳.结论 通过分子动力学模拟、自由能计算等方法可以预测EGFR-TKIs的药物敏感性,这一方法有助于临床选择疗效更优的靶向药物.
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