基底样型和Luminal A型乳腺癌microRNAs表达谱的生物信息学分析

Bioinformatics-based Analysis for microRNAs Expression Profiles between Basal-like and Luminal A Breast Cancers

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摘要目的对基底型和Luminal A型乳腺癌microRNAs表达谱进行分析,找出两种分子亚型乳腺癌之间差异表达的microRNAs,并对差异表达microRNAs在不同分子亚型乳腺癌中可能发挥的生物学功能进行初步探讨.方法从公共基因芯片数据库GEO中筛选基底样型和Luminal A型乳腺癌microRNAs表达谱数据,利用BRB-arrayTools软件筛选出差异表达的microRNAs.对差异表达的microRNAs,利用TargetScan和miRDB靶基因预测软件及TarBase数据库获得可能的靶基因集.利用DAVID数据库,对差异表达micorRNAs的靶基因集进行进一步Gene Ontology和信号通路分析.结果通过对基底样型和Luminal A型乳腺癌microRNAs表达谱分析获得54个差异表达的microRNAs(P≤0.001).相对于Luminal A亚型乳腺癌,31个microRNAs在基底样型乳腺癌中上调表达,而23个microRNAs下调表达.上调和下调表达microRNAs可能的靶基因集数目分别为4 916和3 217个.对于上调和下调microRNAs的靶基因集,Gene Ontology分析表明,两个靶基因集分别在不同的生物学过程显著富集；KEGG通路分析分别涉及了35条和39条(P≤0.05)；BIOCARTA通路分析则分别涉及5条和9条(P≤0.05).结论本研究获得了基底样型和Luminal A型乳腺癌差异表达的microRNAs,并通过靶基因功能分析获得差异表达microRNAs在两种分子亚型乳腺癌之间可能参与的不同生物学过程及信号通路,可能在不同分子亚型乳腺癌中发挥不同的调节作用.