利用简化基因组技术分析甘薯种间单核苷酸多态性

Analysis of Interspecific SNPs in Sweetpotato Using a Reduced-Representation Genotyping Technology

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摘要选用Xushu 18(6x)和Nancy Hall(6x)、2个二倍体Ⅰ.trifida(2x)品系(4597-10和4597-21)、四倍体Ⅰ.trifida(4x)、六倍体I.trifida(6x)、二倍体Ⅰ.temussima(2x)和Ⅰ.littorallis(2x)以简化基因组测序技术SLAF-seq测序,获得724589个SLAF标签,其中多态性SLAF标签35310个.通过序列分析,获得40765个有效单核苷酸多态(SNP),并用这些SNP分析了8个种质的群体结构和系统发生树.结果表明,利用简化基因组测序技术SLAF-seq能高效、低成本地开发出大量可用于群体遗传分析的SNP标记;通过构建进化树发现甘薯栽培种和野生种Ⅰ.trifida的亲缘关系比较近.这些分析结果为进一步研究甘薯栽培种的起源提供了基础数据.

作者石璇 ^[1] 王茹媛 ^[1] 唐君 ^[2] 李宗芸 ^[1] 罗永海 ^[1] 学术成果认领

作者单位 江苏师范大学生命科学学院,江苏徐州,221116 ^[1] 中国农科院甘薯研究所 /国家甘薯改良中心,江苏徐州,221121 ^[2]

关键词甘薯 SLAF-seq 分子标记 SNP 进化分析 Sweetpotato SLAF-seq Molecular marker SNP Phylogenetic analysis

栏目名称 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学

DOI 10.3724/SP.J.1006.2016.00641

发布时间 2016-05-24

基金项目

江苏高校优势学科建设工程资助项目, 农业部农作物保护项目 江苏省自然科学基金面上项目 江苏省高校自然科学研究重大项目(12KJA180001)资助. This study was supported by the Project Funded by the Priority Academic Program Development of Jiangsu Higher Education Institutions, the Project on Crop Conservation Funded by the Ministry of Agriculture of China the General Projects Funded by Natural Sci-ence Foundation of Jiangsu Province the Major Project Funded by Natural Science Foundation of Jiangsu Higher Education Institutions