换一批基于WGCNA的尿道下裂相关基因鉴定分析
Analysis of key gene related to hypospadias based on gene co-expression weight network analysis
摘要目的 利用基因共表达权重网络(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)探索与尿道下裂发病相关的潜在基因.方法 利用WGCNA算法将数据集GSE35034 处理并构建基因共表达权重网络,筛选出与尿道下裂相关性最高的模块,通过基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对模块中的基因进行富集分析.同时进行差异分析,筛选差异基因.将差异基因导入String数据库,利用Cytoscape软件,找出网络中枢纽基因.将以上 3 种方法的结果系统分析,筛选出交集中的核心基因.利用外部数据集对核心基因进行mRNA表达变化及受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线诊断验证.结果 基于WGCNA方法得到 15 个共表达模块.通过差异分析获得了 93 个满足条件的共同差异基因.通过Cytoscape软件分析最终得到 10 个核心基因.最后 3 种方法得到 2 个交集基因:FBXL16、SYNDIG1.ROC曲线验证了交集基因在尿道下裂患者与正常人中表达存在差异.结论 本研究通过WGCNA获得了 2 个与尿道下裂具有显著相关性的关键基因,可用于尿道下裂发病及治疗的探索.
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关键词
尿道下裂基因共表达权重网络差异分析富集分析HypospadiasWeighted gene co-expression network analysisDifferential analysisEnrichment analysis
分类号
R726.9（小儿外科学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1673-9701.2024.14.002
发布时间
2024-06-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
山东省自然科学基金（ZR2020MH076）
山东齐都药业有限公司横向课题（6010121111）
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