换一批枳GRAS基因家族鉴定及其对低温胁迫的响应
Genome-wide identification and low-temperature response analysis of GRAS gene family in Poncirus trifoliata
摘要本研究基于枳(Poncirus trifoliata)基因组数据,利用生物信息学方法鉴定了枳GRS基因家族成员,分析了其理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、进化关系和顺式作用元件,并通过实时荧光定量PCR (qRT-PCR)方法检测了PtrGRAS家族成员在低温胁迫下的相对表达量.结果 表明:在枳基因组中共鉴定出30个GRAS基因,分布在8条染色体上,氨基酸长度范围为441～833 aa,外显子数为1或2,其蛋白序列都具有保守的GRAS结构域;除PtrGRAS3、PtrG RAS11和PtrGRAS30外,其余PtrGRAS基因均分布于细胞核;系统进化分析将30个PtrGRAS基因分成10个亚族;顺式作用元件预测分析得到12个含有低温响应元件的PtrGRAS基因.qRT-PCR数据表明,12个PtrGRAS基因在低温胁迫下的相对表达量与对照相比存在显著差异,其中,PtrGRAS11、PtrGRAS26和PtrGRAS30受到低温胁迫的强烈诱导,这3个基因的表达量在处理各时期均显著上调.推测PtrGRAS家族成员在抵抗低温胁迫中发挥重要作用.
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