红树莓GeBP基因家族鉴定及表达分析

Identification and expression analysis of GeBP gene family in red raspberry

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摘要无表皮毛增强子结合蛋白(GeBP)是植物体内一种特有的蛋白,在植物生长发育、激素水平和逆境胁迫中发挥重要作用.本研究以'海尔特兹'红树莓为材料,通过转录组测序、生物信息学分析、qRT-PCR技术,对GeBP基因家族成员进行了鉴定和表达模式研究.结果显示:GeBP基因家族3个成员的蛋白质氨基酸数量在236～407个之间,分子质量在26.66～42.25 kDa之间,等电点在4.84～9.52之间.RuGeBP-1和RuGeBP-2为不稳定存在的蛋白质,RuGeBP-3为稳定存在的蛋白质.三者均为亲水性蛋白质、含有最多的氨基酸为丝氨酸、均无信号肽、为非分泌蛋白、均定位于细胞核、均为非跨膜蛋白、含有DUF573保守结构域,二级结构均由α螺旋、β转角、无规则卷曲、折叠延伸链共4种结构构成,且与三级结构预测结果一致.RuGeBP基因家族有0～2个内含子和6个重要的保守基序;系统进化分析表明红树莓与草莓的亲缘关系更近.启动子顺式作用元件表明RuGeBP基因家族成员主要参与激素响应、防御和应激响应、植物生长发育.RuGeBP基因家族存在组织特异性表达,主要在果实发育前期和根中表达.RuGeBP-1、RuGeBP-3可能与果实中脱落酸等激素响应机制以及根的生长有关,RuGeBP-2可能与根的生长和防御机制有关.