换一批利用iPBS技术克隆牡丹反转录转座子LTR序列
iPBS-PCR Used for Cloning and Analysis of Long Terminal Repeat Transposons in Tree Peony (Paeonia)
摘要利用iPBS方法从西北牡丹(Paeonia suffruticosa)品种红绣球和中原牡丹品种洛阳红中扩增出相应片段,经回收、克隆及测序,获得了12条来自牡丹LTR类反转录转座子的LTR序列,并用相关生物信息学软件对序列进行分析.结果表明,这些核苷酸序列表现出较高的异质性,主要表现为缺失突变,序列长度变化范围为313-894 bp,同源性从31.1％-65.8％不等.将其氨基酸序列与已登录的不同植物LTR类反转录转座子LTR氨基酸序列进行聚类分析,结果显示与某些植物相应序列具有较高的同源性,表明可能存在LTR类反转录转座子的横向传递关系.根据克隆出的LTR序列设计SSAP引物,对牡丹29个品种进行了SSAP分子标记分析,结果显示具丰富的多态性.实验验证了用iPBS技术分离牡丹LTR序列的适用性,并为牡丹种质资源评价提供了新的技术手段.
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DOI
10.3724/SP.J.1259.2014.00322
发布时间
2014-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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