海南普通野生稻遗传多样性分析及核心种质构建

Genetic Diversity Analysis and Core Germplasm Construction of Oryza rufipogon Griff.in Hainan

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摘要为摸清海南省众多普通野生稻材料之间的亲缘关系,发掘具有代表性的样本,本研究利用32个SSR标记,对来自海南省11个不同市县的2038份海南普通野生稻资源进行遗传多样性分析及核心种质构建.结果显示,平均有效等位基因(Ne,Number of effective alleles)为 2.479,丰富度 Shannon 指数(I,Shannon entropy index)为 0.975,Nei's 基因多样性(h,Nei's genetic diversity)为0.570,多态性位点百分比为96.27％,表明海南普通野生稻的遗传多样性十分丰富.不同地方来源的海南普通野生稻遗传多样性存在差异,来自临高的海南普通野生稻丰富度最高,琼海的普通野生稻遗传丰富度最低,其变异主要集中在群体内部.群体结构分析显示当K=2时,Delta K值最高,将2038份海南普通野生稻资源分成2个类群,第I类群有1145份资源,分别来源于海口、澄迈、儋州、三亚、万宁、琼海、临高、陵水、乐东、东方,第Ⅱ类群有893份资源,分别来源于海口、文昌和澄迈.利用居群优先及多次聚类的方法构建海南普通野生稻核心种质192份,占总资源(2038份)的9.42％,核心种质的Shannon指数(I)保留了 102.46％,Nei's基因多样性(h)保留了 104.39％,有效降低了原始种质的遗传冗余度和遗传差异上的重复.海南普通野生稻核心种质代表了原种质的遗传多样性和特异性,为海南普通野生稻资源的有效利用提供材料.