基于DH群体定位水稻耐低氧萌发QTL
Mapping of QTL for Hypoxic Germination Tolerance Based on a Doubled Haploid Population in Rice
摘要低氧条件下种子萌发能力减弱是制约水稻直播技术应用的主要障碍,解析水稻耐低氧萌发相关性状的遗传机制对保障直播稻的安全生产至关重要.本研究以矮格拉和徐稻10号为亲本构建定位群体,利用水稻1KmGPS SNP芯片对定位群体进行基因分型,构建了包含595个Bin标记的遗传图谱,通过QTL定位分析,最终鉴定出9个耐低氧萌发相关QTLs,LOD值介于2.57~5.49之间,表型贡献率介于4.61%~11.79%之间.在这些QTLs中,5个为已报道耐低氧萌发相关位点,4个可能是新鉴定位点.根据新发现QTL(qHG6-2)定位区间内的基因注释、与拟南芥的同源基因比对、时空表达分析、序列分析和qRT-PCR验证,最终筛选到1个调控耐低氧萌发的候选基因LOC_Os06g31280,该基因编码一个硫堇蛋白OsTHIONl.研究结果为进一步开展耐低氧萌发基因的克隆和遗传调控的解析奠定了基础.
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