摘要利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记.利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点.结果表明,170个核心SNP标记分布于12条染色体上,香农指数平均为0.616,多态性信息含量平均为0.334,基因多样性平均值0.428,说明供试材料遗传多样性较好.基于SNP标记的聚类分析、群体结构分析和主成分分析结果较为一致,均将供试材料划分为5个类群,各类群与地理来源和果实形态有一定相关性.30个表型性状变异系数在7.00％～87.88％之间、平均为34.85％,Shannon-Wiener 多样性指数在0.03～2.07之间、平均为1.19,其中单果重的变异系数最大,商品果纵径的Shannon-Wiener多样性指数最大,花冠颜色变异系数和Shannon-Wiener多样性指数均最小;表型性状间大部分存在显著或极显著相关性.进一步对表型性状、SNP标记进行关联分析,结果表明,GLM和MLM两种方法共检测到53个SNP关联位点,与12个表型性状显著关联;GLM和MLM分别可以解释4.83％～48.41％和10.86％～19.19％的表型变异,其中位于4号染色体的980-003标记对花冠颜色的表型变异解释率最高;53个关联位点里有4个位点被两种方法同时检测到.本研究所开发的SNP基因分型panel是一种通量高、准确性好且成本低的基因型鉴定方法,可应用于辣椒遗传结构分析、分子标记辅助育种、品种鉴定等研究.此外,本研究还构建了 202份辣椒种质表型性状和基因型数据库,有效地建立了表型与基因型的对应关系,为辣椒优异基因发掘、种质创新和品种遗传改良提供理论指导和材料基础.