换一批重要食药同源植物余甘子转录组微卫星特征分析
Characteristic Analysis of Microsatellites in the Transcriptome of Phyllanthus emblica, an Important Edible and Medicinal Plant
摘要为全面了解余甘子转录组SSR位点的分布特征和变异规律,本研究利用Illumina Hiseq 4000平台对余甘子叶片转录组进行测序,通过MISA软件对获得的Unigenes进行SSR位点搜索和统计分析.结果 发现9 538条包含SSR位点的Unigenes,共检测到9991个SSR位点,平均每5.49 kB出现1个SSR.单碱基和二碱基为余甘子转录组SSR主要重复类型,分别占SSR总数的42.3％和30.79％.位于基因编码区的SSR位点共有1 731个,出现频率为0.039 SSRs/kB,优势重复类型为三碱基重复.余甘子转录组SSR中共有169种重复基元,其中所占比例最高的是A/T(42.10％),其次是AG/CT(22.91％)和AAG/CTr(5.02％).SSR各基元的重复次数波动于4～75次,且多数集中于4～20次.重复片段长度≥20bp的SSR占21.20％,且SSR发生频率与片段长度呈显著负相关(P＜0.01),相关系数为-0.561.本研究获得的余甘子转录组SSR位点出现频率较高、分布密度较大、低级重复基元较多,重复次数较高、长片段较多,大多数SSR位点的多态性潜能较高,用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,为下一步余甘子转录组SSR标记的大规模开发和群体遗传学研究提供了重要的数据信息,进而为余甘子野生资源的保护和合理开发利用提供了参考依据.
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分类号
S722
栏目名称
DOI
10.7525/j.issn.1673-5102.2019.02.016
发布时间
2019-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（CAFYBB2016ZX003-2）；
“云南省技术创新人才”培养对象项目（2016HB007）
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