换一批基于病毒-宿主交互网络的加味芦根方治疗流行性感冒的生物信息学分析
Bioinformatics Analysis of Modified Lugen Formula in the Treatment of Influenza:Perspectives from the Virus-Host Interaction Network
摘要目的 从病毒-宿主交互界面探讨加味芦根方(芦根、全蝉蜕、僵蚕、金银花、生甘草、薄荷、羌活、葛根、柴胡)治疗流行性感冒的分子机制.方法 从本草组鉴数据库收集复方的化学成分,经里宾斯基五原则筛选潜在的活性成分后,进一步在瑞士靶点预测网站预测活性成分的作用靶点;从GEO数据库挖掘人类流感芯片GSE90732 的差异表达基因;从病毒-宿主相互作用搜索工具检索H1N1 流感-智人蛋白交互组;整合上述生物信息集,通过Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和加味芦根方-病毒-宿主交互网络,使用R软件对交集基因进行功能富集分析,最后对关键活性成分及靶点进行分子对接验证.结果 获得 1 252 个活性成分,1 415 个作用靶点,951 个流感差异表达基因和 10 142 对H1N1-智人蛋白互作信息.加味芦根方与流感的交集靶点有 72 个,功能富集显示这些靶点与宿主防御和程序性细胞死亡密切相关.交互网络拓扑分析表明,加味芦根方通过齐墩果酸、γ-十一碳酸内酯、长棘素等多种活性成分调控病毒M2、NA、NS1 和HA蛋白和/或宿主HSP90AA1、NRAS和ITGB1 等多个关键靶标发挥治疗作用,分子对接结果表明活性成分与靶点具有较好的结合能力.结论 加味芦根方通过多种活性成分直接靶向流感病毒蛋白和/或宿主因子,从抑制病毒复制、调节宿主防御和细胞死亡等多个维度发挥抗击流感的作用.该研究为进一步实验解析加味芦根方治疗流感的分子机制提供了理论基础.
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关键词
加味芦根方流行性感冒病毒-宿主交互网络HSP90AA1齐墩果酸生物信息学Modified Lugen Formulainfluenzavirus-host interaction networkHSP90AA1oleanolic acidbioinformatics analysis
分类号
R285.5（中药学）
栏目名称
DOI
10.19378/j.issn.1003-9783.2024.03.007
发布时间
2024-04-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（82274418）
国家自然科学基金（81973814）
广东省中医药局项目（20231093）
广东省重点领域研发计划项目（2020B1111100002）
治疗与预防技术研究及中医药应用专项（COVID-19;2020KJCX-KTYJ-130）
深圳市科学技术
创新委员会项目（JSGG20220226090550002）
创新委员会项目（JCYJ20190808160407500）
深圳市医疗卫生三名工程建设项目（SZZYSM202206013）
深圳市医疗卫生三名工程建设项目（SZZYSM202106006）
广州中医药大学双一流
高水平大学学科协同创新团队项目（2021XK16）
广东省普通高校重点领域专项项目（2022ZDZX2014）
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